Ngày 4-5-2016, Báo CCB Việt Nam nhận được Công văn số 472/CBC-BCTƯ của Cục Báo chí về khiếu nại thông tin trên báo chí của Trung tâm KNN phân bón Vùng Nam Bộ đối với nội dung trong bài “Nguyên Cục trưởng Cục Trồng trọt-Bộ NNPTNT: Thành lập hàng loạt Trung tâm KKN phân bón “ma”?
Về nội dung khiếu nại của Trung tâm KKN phân bón Vùng Nam Bộ-Báo CCB Việt Nam khẳng định: Toàn bộ quá trình tác nghiệp tuân thủ đúng theo quy định của Luật Báo chí và tài liệu sử dụng trong bài viết đều dựa theo tài liệu thu thập và trao đổi từ người có thẩm quyền của đơn vị thuộc Bộ NNPTNT.
Đối với một số nội dung mà Trung tâm KKN phân bón Vùng Nam Bộ phản ánh, Báo CCB Việt Nam trả lời như sau:
Thứ nhất: Trung tâm KKN phân bón Vùng Nam Bộ cho rằng, bà Nguyễn Kim Dung-Giám đốc Trung tâm KKN phân bón Quốc gia trả lời không chính xác, thiếu cơ sở và không khách quan... Việc này, PV Báo CCB Việt Nam tác nghiệp theo đúng Luật Báo chí, bà Nguyễn Kim Dung là Giám đốc Trung tâm KKN phân bón Quốc gia-đơn vị cấp trên của Trung tâm KKN phân bón Vùng Nam Bộ, vì vậy những phát ngôn của bà Dung với báo chí là trên cương vị Giám đốc, đại diện cho cơ quan cấp trên của Trung tâm KKN phân bón Vùng Nam bộ (theo Quyết định 242/QĐ-TT-VP ngày 13-6-2012 của Cục Trồng trọt quy định chức năng, nhiệm vụ và cơ cấu tổ chức của Trung tâm KKN phân bón Quốc gia).
Thứ hai: Trong 2 bài viết đăng trên Báo CCB Việt Nam số ra ngày 18-2-2016 và 10-3-2016 đều khẳng định: Trung tâm phân bón Vùng Nam Bộ được Cục Trồng trọt ký quyết định thành lập nhưng không thuân thủ theo Quyết định số 16/2008/QĐ - BNN ngày 28-1-2016 của Bộ NNPTNT và chưa được Bộ trưởng Bộ NNPTNT Cao Đức Phát thông qua. Vấn đề này cũng đã được ông Ma Quang Trung-Cục trưởng Cục Trồng trọt thừa nhận, Đề án thành lập 7 trung tâm khảo kiểm nghiệm phân bón vùng chưa được Bộ phê duyệt. Báo CCB Việt Nam cũng sử dụng tài liệu Báo cáo số 1754/TT-QLCL ngày 21-9-2015, do ông Nguyễn Như Cường-Phó cục trưởng Cục Trồng trọt ký gửi Bộ trưởng Bộ NNPTNT Cao Đức Phát về việc xin ý kiến xử lý những sai phạm của Trung tâm KKN phân bón Vùng Nam Bộ.
Ngay sau khi Báo phản ánh, ngày 4-3-2016, Báo CCB Việt Nam có Công văn số 09/CV-B.CCB/BĐ gửi Bộ trưởng Bộ NNPTNT Cao Đức Phát. Ngày 16-3-2016, ông Trần Quốc Tuấn-quyền Chánh Văn phòng Bộ NNPTNT có Văn bản số 2071/BNN-VP hồi âm gửi Báo CCB Việt Nam về nội dung thông tin bài báo phản ánh. Theo đó, Văn bản số 2071/BNN-VP nêu như sau: