Tùy theo tính chất, mức độ vi phạm, tổ chức, cá nhân vi phạm hành chính về an toàn thực phẩm còn có thể bị áp dụng một hoặc các hình thức xử phạt bổ sung như tước quyền sử dụng: Giấy chứng nhận cơ sở đủ điều kiện an toàn thực phẩm; Giấy Tiếp nhận bản công bố hợp quy;... tịch thu tang vật, phương tiện để vi phạm hành chính về an toàn thực phẩm;...
Nghị định quy định phạt tiền từ 3-5 triệu đồng đối với hành vi sử dụng thịt hoặc sản phẩm được chế biến từ thịt chưa qua kiểm tra vệ sinh thú y hoặc đã qua kiểm tra nhưng không đạt yêu cầu để chế biến thực phẩm.
Mức phạt trên cũng áp dụng đối với hành vi sử dụng phụ gia thực phẩm, chất hỗ trợ chế biến thực phẩm thuộc danh mục được phép sử dụng trong sản xuất kinh doanh nhưng vượt quá giới hạn cho phép.
Phạt tiền từ 10-15 triệu đồng đối với hành vi sử dụng nguyên liệu không bảo đảm an toàn thực phẩm hoặc không rõ nguồn gốc, xuất xứ để sản xuất, chế biến thực phẩm.
Phạt tiền từ 15-20 triệu đồng đối với một trong các hành vi: Sử dụng phụ gia thực phẩm, chất hỗ trợ chế biến thực phẩm không rõ nguồn gốc, xuất xứ để sản xuất, chế biến thực phẩm; sử dụng phụ gia thực phẩm, chất hỗ trợ chế biến thực phẩm ngoài danh mục được phép sử dụng để sản xuất, chế biến thực phẩm.
Đối với hành vi sử dụng phụ gia thực phẩm, chất hỗ trợ chế biến có chứa chất độc hại hoặc sử dụng phụ gia là chất độc hại để sản xuất, chế biến thực phẩm bị phạt tiền từ 20-40 triệu đồng.
Đối với hành vi sử dụng hóa chất bị cấm sử dụng trong sản xuất, chế biến thực phẩm bị phạt tiền từ 30-50 triệu đồng. Hình thức xử phạt bổ sung là tước quyền sử dụng giấy chứng nhận cơ sở đủ điều kiện an toàn thực phẩm từ 9-12 tháng trong trường hợp tái phạm.
Phạt tiền bằng 7 lần giá trị thực phẩm vi phạm đối với hành vi sử dụng hóa chất bị cấm sử dụng trong sản xuất, chế biến thực phẩm nếu mức tiền phạt cao nhất của khung tiền phạt từ 30 - 50 triệu đồng thấp hơn 7 lần giá trị thực phẩm vi phạm tại thời điểm vi phạm nhưng số tiền phạt không quá 100 triệu đồng.