Nhiều ý kiến tán thành với chủ trương cần ban hành một đạo luật với những cơ chế, chính sách nhằm tạo điều kiện cho việc xây dựng, phát triển Thủ đô Hà Nội. Đồng thời, nhiều ý kiến của đại biểu Quốc hội trong phiên thảo luận đề nghị Ban soạn thảo cần làm rõ đặc điểm nổi trội, tính đặc thù của Thủ đô Hà Nội so với các địa phương khác; coi đây là điểm mấu chốt, là cơ sở để xây dựng dự thảo luật này.
Đại biểu Nguyễn Ngọc Đào, ( Hà Nội), cho rằng dự thảo Luật Thủ đô chưa giải đáp được vấn đề then chốt là tìm được tính đặc thù của Thủ đô; đề nghị Ban soạn thảo cần rà soát lại để khẳng định được tính đặc thù của Thủ đô Hà Nội và tán thành với những lập luận của Ủy ban Pháp luật. Theo quy định tại Điều 120 của Hiến pháp hiện hành, “Căn cứ vào Hiến pháp, luật, văn bản của cơ quan Nhà nước cấp trên, Hội đồng Nhân dân ra nghị quyết về các biện pháp bảo đảm thi hành nghiêm chỉnh Hiến pháp và pháp luật ở địa phương….”

Hơn nữa, theo quy định tại khoản 4 Điều 14 của Luật ban hành văn bản quy phạm pháp luật năm 2008, đối với những vấn đề cần thiết nhưng chưa đủ điều kiện xây dựng thành luật hoặc pháp lệnh, để đáp ứng yêu cầu quản lý Nhà nước, quản lý xã hội, Chính phủ được ban hành Nghị định để điều chỉnh, sau khi có sự đồng ý của Ủy ban Thường vụ Quốc hội.
Đại biểu Nguyễn Thị Khá, ((Trà Vinh) và Lê Văn Hưng, (Hưng Yên), đều mong muốn Ban soạn thảo phải chỉ ra được nét đặc thù của Thủ đô Hà Nội để làm cơ sở cho việc ra đời Luật Thủ đô.
Đại biểu Vũ Thị Thu Hà, ( Hưng Yên), có quan điểm, để xây dựng Luật Thủ đô, cần phải nghiên cứu, khảo sát cụ thể để xây dựng và công bố quy hoạch tổng thể Thủ đô Hà Nội. Từ bức tranh tổng thể này để hình dung Thủ đô tương lai sẽ như thế nào và cần những gì để phát triển; trên cơ sở đó mới xây dựng những cơ chế, chính sách đặc thù giúp Thủ đô phát triển như quy hoạch đề ra.
Bàn về những vấn đề cụ thể trong dự thảo Luật, xung quanh vấn đề thu phí lưu thông, quy định mức thu hai loại phí cao hơn và áp dụng mức xử phạt tiền cao hơn đối với một số hành vi vi phạm hành chính ở nội thành (khoản 3 Điều 23, khoản 3 Điều 26 và khoản 2 Điều 25) cho rằng quy định này của dự án Luật hoàn toàn không khả thi, không công bằng và không phù hợp thực tiễn.
Nhiều ý kiến băn khoăn về tính khả thi của việc áp dụng mức xử phạt vi phạm hành chính cao hơn mức quy định chung của cả nước nhằm mục đích chấn chỉnh công tác quản lý đô thị, răn đe để bảo đảm an ninh, trật tự, an toàn xã hội trên địa bàn Thủ đô... Về những vấn đề cụ thể trong dự thảo Luật, xung quanh vấn đề thu phí lưu thông, quy định mức thu hai loại phí cao hơn và áp dụng mức xử phạt tiền cao hơn đối với một số hành vi vi phạm hành chính ở nội thành (khoản 3 Điều 23, khoản 3 Điều 26 và khoản 2 Điều 25) có ý kiến cho rằng quy định này của dự án Luật hoàn toàn không khả thi, không công bằng và không phù hợp thực tiễn và có phải do ý thức chấp hành pháp luật trên địa bàn Thủ đô kém hơn các nơi khác nên phải áp dụng mức xử phạt cao hơn? Về vấn đề thu phí lưu thông, đại biểu Đặng Huyền Thái, (TP Hà Nội), bày tỏ quan điểm tán thành với dự thảo Luật và nhấn mạnh với quy định này sẽ góp phần giảm sức ép cho Thủ đô; đồng thời phát triển phương tiện giao thông công cộng.
Đại biểu Nguyễn Thị Nguyệt Hường cũng của (T P Hà Nội), đề nghị cần công bố quy hoạch chi tiết việc di chuyển các cơ quan, trường học, bệnh viện ra khỏi nội thành, góp phần giảm mật độ tham gia giao thông; nếu chỉ tính việc tăng phí sẽ chưa giải được bài toàn này.
Thảo luận khoản 1 Điều 27 dự thảo Luật quy định: “Để đáp ứng yêu cầu xây dựng, phát triển và quản lý Thủ đô, trên cơ sở đề án được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt, Ủy ban Nhân dân thành phố Hà Nội xây dựng, trình Hội đồng Nhân dân thành phố Hà Nội ban hành văn bản quy phạm pháp luật để điều chỉnh những vấn đề mới phát sinh từ thực tiễn liên quan đến cơ chế chính sách đặc thù quy định tại Chương II của Luật này mà chưa được pháp luật quy định…,” còn nhiều ý kiến băn khoăn.
Hơn nữa, theo quy định tại khoản 4 Điều 14 của Luật ban hành văn bản quy phạm pháp luật năm 2008, đối với những vấn đề cần thiết nhưng chưa đủ điều kiện xây dựng thành luật hoặc pháp lệnh, để đáp ứng yêu cầu quản lý Nhà nước, quản lý xã hội, Chính phủ được ban hành Nghị định để điều chỉnh, sau khi có sự đồng ý của Ủy ban Thường vụ Quốc hội.
Nhiều ý kiến đại biểu cho rằng quy định này chưa phù hợp với Hiến pháp, vì vậy đề nghị không quy định vấn đề này trong dự thảo Luật.

THANH LÂM