Nhưng ngày 19-4-2016 Cty lương thực Lương Yên có văn bản đề nghị Sở GTVT Hà Nội có phương án di dời hoạt động của bến xe Lương Yên sang các bến xe khác trên địa bàn thành phố và hướng dẫn hoạt động cho các nhà xe sau ngày 26-7-2016.
Đại diện Sở Giao thông vận tải cũng cho biết: Từ ngày 18-7, Sở đã có văn bản gửi các đơn vị kinh doanh vận tải tại bến xe Lương Yên và các bến xe Nước Ngầm, Yên Nghĩa, Gia Lâm thông báo việc ngừng hoạt động đối với bến xe Lương Yên từ ngày 27-7. Sở yêu cầu các đơn vị kinh doanh vận tải căn cứ vào kết quả sắp xếp các tuyến khẩn trương liên hệ với các đơn vị khai thác bến xe ký hợp đồng dịch vụ bến xe. Sở Hà Nội đưa ra phương án: Các xe đi Cao Bằng, Hà Giang, Hải Phòng, Quảng Ninh, Thái Bình được điều chuyển về bến xe Gia Lâm. Trong đó, có 13 đơn vị vận tải được chuyển về bến xe Gia Lâm với 133 nốt (chuyến/ngày). Các xe đi Bắc Giang, Nam Định, Bắc Kạn, Cao Bằng, Hà Giang, Hải Dương, Lạng Sơn, Nghệ An, Phú Thọ, Quảng Ninh, Thái Bình, Thanh Hóa, TP.HCM, Hải Phòng, Thái Nguyên được điều chuyển về bến xe Nước Ngầm. Số đơn vị kinh doanh vận tải gồm 34 đơn vị, với 162 nốt (chuyến/ngày). Bến xe Yên Nghĩa sẽ đón nhận các xe đi các tỉnh Hải Dương, Hải Phòng, Lạng Sơn, Bắc Kạn, Lào Cai, gồm 8 đơn vị khai thác, với 51 nốt (chuyến/ngày).
Trả lời các phóng viên, ông Vũ Văn Viện, Giám đốc Sở Giao thông vận tải Hà Nội cho biết: Bến xe Lương Yên không nằm trong quy hoạch Thủ đô đã được Chính phủ phê duyệt. Quy hoạch các bến xe trong thời gian tới, Hà Nội sẽ có 5 bến xe mới là Cổ Bi, Vân Trì, Yên Sở, Xuân Phương và Sơn Tây. Đến ngày 16-7 đã có 36/52 doanh nghiệp vận tải tại bến Lương Yên chấp nhanh di chuyển và đăng ký với bến mới.
Bắt đầu từ ngày 27-7, bến xe khách Lương Yên chính thức đóng cửa.
An Hà