Ban Chỉ đạo có nhiệm vụ chỉ đạo, điều hành, kiểm tra sự phối hợp giữa các bộ, ngành, địa phương đẩy mạnh công tác tuyên truyền, ứng dụng công nghệ thông tin, tổ chức, triển khai thực hiện Đề án tìm kiếm, quy tập hài cốt liệt sĩ và Đề án xác định hài cốt liệt sĩ còn thiếu thông tin; điều phối hoạt động của Ban Công tác đặc biệt, Ủy ban Chuyên trách Chính phủ; tham mưu, đề xuất với Thủ tướng Chính phủ về cơ chế, chính sách bảo đảm thực hiện tốt công tác tìm kiếm, quy tập hài cốt liệt sĩ và công tác xác định hài cốt liệt sĩ còn thiếu thông tin.
Ban Chỉ đạo cũng chỉ đạo các quân khu, các tỉnh, thành phố trực thuộc T.Ư kiện toàn Ban Chỉ đạo tìm kiếm, quy tập và xác định danh tính hài cốt liệt sĩ phù hợp với yêu cầu, nhiệm vụ mới; mở rộng hợp tác quốc tế trong triển khai thực hiện Đề án tìm kiếm, quy tập hài cốt liệt sĩ và Đề án xác định hài cốt liệt sĩ còn thiếu thông tin; thành lập các Đoàn của Ban Chỉ đạo để kiểm tra, đôn đốc, đánh giá kết quả thực hiện Đề án tìm kiếm, quy tập hài cốt liệt sĩ và Đề án xác định hài cốt liệt sĩ còn thiếu thông tin; giải quyết những vướng mắc phát sinh trong thực hiện Đề án tìm kiếm, quy tập hài cốt liệt sĩ và Đề án xác định hài cốt liệt sĩ còn thiếu thông tin; chỉ đạo xử lý nghiêm theo quy định của pháp luật các trường hợp thiếu trách nhiệm, lợi dụng hoặc làm trái; đề xuất khen thưởng các tập thể, cá nhân có thành tích xuất sắc trong thực hiện công tác tìm kiếm, quy tập hài cốt liệt sĩ và công tác xác định hài cốt liệt sĩ còn thiếu thông tin; sơ kết, tổng kết rút kinh nghiệm công tác tìm kiếm, quy tập hài cốt liệt sĩ và công tác xác định hài cốt liệt sĩ còn thiêu thông tin; định kỳ báo cáo Thủ tướng Chính phủ theo quy định.
Quang Ly Ly